Монастырь основан в XVI веке. Строился на протяжении XVII-XIX веков. Обитель разрасталась и процветала благодаря покровительству и вкладам московских царей и патриархов. По количеству паломников она приравнивалась к величайшим христианским святыням мира и была на втором месте по числу паломников после Гроба Господня.
В годы советской власти монастырь закрыли. В девяностых годах прошлого века Нилова пустынь ожила.
Моё паломничество в Нилову Пустынь было совершено в 1984 году. Монастырь был закрыт, но дух православия жил особой тишиной и таинственностью. Душа наполнялась тоской и благодатью...
Второе моё паломничество в эти места в июне 1995 года. Монастырь действовал. Братии служило семь человек. Колокольный звон разливался по всему Селигеру...Исповедь и причашение исполнилось невыразимым чувством присутствия Святого...
Находится монастырь в семи километрах от Осташково, Тверской области. (От Москвы по Питерскому шоссе 5часов на машине. Есть прямой поезд от Москвы до Осташково).
На Тверских разрумянных просторах
Воссияние Чуда живёт.
В кружевных золочёных узорах,
И в озёрах таинственных вод.
По озёрной воде Селигера
От Осташково ровно в семь вёрст,
Крестным ходом плывёт в лодках Вера,
В Столобенского Нила погост.
Блеск хоругвий, иконок с крестами,
В величаниях славится Нил.
Монастырь заиграв куполами,
Гладью зеркала в водах застыл.
Гладь зеркальная. Нила явление.
Свет трикирий, дыханье кадил.
В этот миг те Святые владенья
Сам Господь не спеша обходил.
Столобенскому Нилу почтенье.
Подплывает на остров народ;
А над озером Чудо-свечение
Воссиявшим столбом предстаёт...